微生物菌株开发、复合菌群开发是微生物工程领域最重要的研究领域。项目技术源自创始团队在上个世纪末相关研究引导下，通过持续积累的创新探索，放弃传统“鸟枪法”，改用“针对对应法”筛选单一广谱菌株。在初筛有效菌株时，都做了专门的种属鉴定、抗生素敏感性反应和遗传稳定性的检测，确保所有菌株对环境、人畜无害。
项目针对所要处理对象各类与生物特性，根据验证的单个有效菌进行各菌种的配合与组合、繁殖培育、确保多个单菌株复合共存的叠加功能的有效性和稳定性，在经过公斤量级试验以及小规模的试验基础上，得到了较为有优势的配伍方案和对不同有机物降解能力优势的菌群配方。在工业化大规模生产工艺也得到完善，完成标准化生产流程，形成企业标准。
公司拥有自主独立微生物研发实验室，目前已有自主知识产权菌株22株，形成单个菌株及复合菌群核心资源库。项目技术主要应用于农业农村有机废弃物、餐厨（厨余）垃圾、水生植物（蓝藻、水花生、浒苔等）、畜禽粪污等有机物处理。相关技术已授权发明专利4项、实用新型专利7项、软件著作权9项、企业标准4项与团体标准1项。